Atkūrimas
Nuo 1989 m., keičiantis politinei situacijai, Lietuvoje buvo pradėtos atkurti įvairios draugijos bei organizacijos, panaikintos sovietinės okupacijos metais. 1989 m. lapkričio 26 d. Ateitininkų federacijos atkuriamajame suvažiavime, kuriame dalyvavo 60 katalikiškų pažiūrų mokslininkų, buvo iškelta mintis atkurti LKMA Lietuvoje. Iš karto buvo sudarytas Atkuriamasis komitetas, o 1990 m. vasario 17 d. sušaukta LKMA Steigiamoji konferencija. Akademijai vadovauti išrinkta 10 žmonių Lietuvos krašto taryba, kuri sudarė 4 asmenų Valdybą. Valdybos pirmininku išrinktas plačiai žinomas kardiochirurgas prof. dr. Giedrius Uždavinys.
1990 m. gegužės 8 d. LKMA buvo įregistruota Lietuvos Ministrų taryboje, o gegužės 9 d. LKMA Centro valdyba Romoje pritarė ir patvirtino Lietuvos krašto tarybą bei jos valdybą.
1996 m. birželį LKMA Įstatu nauja redakcija buvo įteikta Teisingumo ministerijai. 1999 m. kovo 17 d. įsakymu Nr. 34-V teisingumo ministras V. Pakalniškis pasirašė LKMA, kaip visuomeninės organizacijos, registravimo pažymėjimą. Vėliau Įstatai buvo ne kartą koreguojami, taikantis prie visuomenės bei pačios Akademijos dinamikos. Paskutinė jų versija buvo patvirtinta 2023 m.
Didelis Akademijos atkūrimo Lietuvoje nuopelnas priklauso tėvams jėzuitams: prof. Antanui Liuimai ir tuo metu dar kunigui dr. Jonui Borutai. 1997 m. gegužės 28 d. popiežius Jonas Paulius II Joną Borutą paskyrė Vilniaus arkivyskupo augziliaru ir tituliniu Vulturaros vyskupu, o 2002 m. sausio 5 d. – Telšių vyskupu ordinaru.
Lietuvoje atkurtos LKMA pirmininkai: kardiochirurgas prof. dr. Giedrius Uždavinys (1992–1997), vyskupas dr. Jonas Boruta SJ (1997–2006), literatūrologas prof. dr. Paulius Subačius (2006-2013), psichologė prof. dr. Danutė Gailienė (2013-2020), istorikas prof. dr. Liudas Jovaiša (2020-2026). Nuo 2026 m. Akademijai vadovauja filosofas prof. dr. Povilas Aleksandravičius.
- - -
Svarbus Akademijos rūpestis – biblioteka. Nors jos įkūrimą sunkino lėšų ir patalpų stoka, knygos buvo ir perkamos, ir renkamos iš fundatorių.
Dar 1938 m. Akademija iš prof. P. Benderio nupirko gausų knygų fondą, o tais pačiais metais paveldėjo prel. A.Dambrausko-Jakšto biblioteką. Tai buvo pagrindas. Kiti resursai taip pat leido plėstis ir, prieš Akademiją uždarant, biblioteka jau turėjo 12 000 tomų knygų.
1973 m., gavus paramą iš ALKA-os bei prof. dr. Kazio Almino ir Juozo Vembrės, buvo įsigytas prof. Zenono Ivinskio archyvas ir biblioteka, 1974 m. pradžioje pervežti iš Bonos į Romą, o Akademijai atsikūrus Lietuvoje – į Vilnių.
Prof. kun. Antano Liuimos SJ iniciatyva į Romą iš Šveicarijos buvo atgabentas Rūtos-Lituanijos draugijos archyvas ir knygynas. Akademija taip pat gavo dalį lituanistinės prof. G. Studerus bibliotekos ir archyvinės medžiagos. Kun. Rapolas Krasauskas ir mons. Paulius Jatulis iš savo asmeninių bibliotekų Akademijai dovanojo svarbius istorinius mokslo veikalus. 1991 m. rudenį Vytautas Skuodis Akademijai perdavė žymaus kovotojo už Lietuvos laisvę Alberto Zvicevičiaus biblioteką.
Iki šių dienų LKMA biblioteka pasipildė ne viena dešimtimi knygų siuntų iš užsienyje gyvenančių Akademijos narių. Ypač reikšmingas Juozo ir Onos Girnių, jų sūnaus Kęstučio Girniaus, žurnalisto Cezario Surdoko, etnologo Antano Mažiulio indėlis.
