Išeivijoje
1954 m. gruodžio 30 d. Romoje buvo sudaryta Reorganizacinė komisija. Akademijos veiklos tęstinumo liudijimui į šią komisiją buvo pasiūlyti prof. Zenonas Ivinskis ir prof. Juozas Eretas. Jie abu iki 1940 m. buvo Akademijos Centro valdybos nariai.
Netrukus buvo pasirašytas LKMA atkūrimo aktas, apie tai paskelbta spaudoje. 1956 m. spalio 9 d. Italijos policijoje įregistruoti į italų kalbą išversti ir tuometinėms sąlygoms pritaikyti Įstatai. Akademijos centru išeivijoje tapo Roma.
Visur, kur buvo įsikūrusios gausesnės lietuvių bendruomenės, buvo steigiami Akademijos skyriai (tada vadinti židiniais). Skyriai buvo kuriami, stengiantis sudaryti kuo geresnes sąlygas išeivijos lietuviams įsijungti į mokslinę veiklą. Jų buvimas taip pat leisdavo įvairių vietinių tautų gyventojams susipažinti su lietuvių mokslo laimėjimais. Taip buvo keliamas susidomėjimas lietuvių tauta ir pačia Lietuva. Nepaprastas skyrių nuopelnas ir tas, kad visame pasaulyje buvo skleidžiama žinia apie pavergtos Lietuvos padėtį, jos kovas dėl laisvės. Pačioje išeivijoje Akademija žadino viltį ir tikėjimą būsima nepriklausoma Lietuva.
Per 36 veiklos išeivijoje metus buvo įkurta 12 skyrių: Čikagoje (1956 10 17), Niujorke (1962 12 15), Bostone (1963 11 17), Detroite (1964 02 09), Monrealyje (1964 05 22), Toronte (1964 12 09), Daytone (1965 01 24), Miunchene (1966 02 20), Otavoje (1970 gegužės mėn.), Putname (1971 gruodžio mėn.), Sent Pitersberg Bičas (1981 10 17), Los Andžele (1983 liepos mėn.) Skyriai veikė savarankiškai, tačiau darniai su Centro valdyba Romoje.
Akademija išeivijoje turėjo kelis išskirtinius padalinius. Dokumentinės medžiagos apie Lietuvos religinę padėtį centras (archyvas) kaupė žinias ir duomenis apie religijos padėtį okupuotoje Lietuvoje. Pagal surinktą medžiagą buvo rengiami žinių biuleteniai. Deja, 1964 m. vasario mėnesį Religinei Šalpai nutraukus paramą, tęsti veiklos centras nebegalėjo.
1965 m. birželio 14 d. LKMA praturtėjo dar viena svarbia institucija: Romoje įkurtas Istorijos ir Religinės kultūros lietuvių institutas (trumpai vadintas Lietuvių Institutu). Šio sumanymo iniciatoriai – Akademijos nariai mons. Klemensas Razminas, dr. kun. Paulius Jatulis ir kun. Rapolas Krasauskas.
1973 m. LKMA pasipildė tračiąja institucija: prel. Pranciškus Juras perdavė Akademijai savo paties sukauptą itin vertingą Amerikos Lietuvių Kultūros Archyvą – Alką, kurį sudarė 4 didelės dalys: Lituanistinė biblioteka, Archyvinės – rankraštinės bei dokumentinės medžiagos fondas, Etnografinis – tautodailės muziejus ir Meno galerija.
1974 m. į Lietuvos Istorijos ir Religinės kultūros institutą buvo integruota JAV Vytauto Balčiūno leidžiamų knygų serija ,,Krikščionis gyvenime”. Įsijungusi į Institutą, ši nepaprastai reikšminga visai išeivijai knygų serija dar labiau išsiplėtė.
Išeivijoje Akademijai vadovavo vysk. Vincentas Padolskis (1956–1959) ir prof. kun. Antanas Liuima SJ (1959–1992). 1992 m. LKMA Centrą perkėlus į Lietuvą, pastarasis buvo išrinktas pirmuoju LKMA Garbės pirmininku.





